githubのリポジトリを確認すると下記のalertが表示されてました。
調べてみるとnpmの特定のpackageにセキュリティホールが見つかっているという内容ででした。
We found potential security vulnerabilities in your dependencies.
Only the owner of this repository can see this message.
Manage your notification settings or learn more about vulnerability alerts.
対応方法
基本的にはpackage.json内にあるバージョンをアップしてgithubにpushさせれば大丈夫でした。
アップデートの方法
一つずつ指定されたバージョンにしても良かったのですが、npm-check-updates を使えば一発で最新版に挙げれるのでこっちのほうが便利です。
npm-check-updatesのコマンド
インストール
$ npm install -g npm-check-updates
書き換え
事前確認
$ ncu
書き換え（基本的にこっちのコマンドでOKです）
$ ncu -u